生物医学工程是一门综合工程学、生物学和医学理论与方法的新兴学科，通过从各层次研究人体系统的状态变化并运用工程技术手段对其进行控制，最终解决医学中的相关问题，以保障人类健康，为疾病的预防、诊断、治疗和康复服务。沈阳药科大学以国内外医疗器械产业的发展对生物医学工程专业人才的需求为依据，结合生物医学工程专业特点和我校的办学特色，于2012年3月正式组建医疗器械学院并于同年9月获得教育部批准正式开设培养目标明确，基础知识宽厚，专业课程群设置、知识结构和能力培养模式等特色明显的生物医学工程专业，招收四年制工学本科生，为我国医疗器械行业输送高级专业技术人才，以弥补我国该领域的人才与技术缺口，亦为辽宁省医疗产业迅猛发展提供重要的人力资源。
专业定位：以“生物检测诊断”、“生物医用材料”为培养核心，辅以有源医疗器械、兼顾医疗器械质量安全检测检验为内涵的专业特色
培养方向：培养掌握理、工、医、法结合的知识结构与实践技能，具备化学、生物学、材料学、检验学、医疗仪器设备、法规、基础药学与医学等有关的基本理论和技能，能在医疗器械领域的科研机构、行政部门（医疗器械监督管理）、企事业单位等从事科研、产品与技术开发、生产营销、质量控制与检验及设备维护等工作，以及到国内外工学、理学、医学和药学等门类下各学科继续深造且具有国际视野和竞争力的创新型高级工程技术复合型人才。
本专业以“生物检测诊断”、“生物医用材料”为培养核心，辅以有源医疗器械并兼顾医疗器械质量安全检测检验为专业定位，培养掌握理、工、医、法结合的知识结构与实践技能，具备化学、生物学、材料学、检验学、医疗仪器设备、法规、基础药学与医学等有关的基本理论和技能，能在医疗器械领域的科研机构、行政部门（医疗器械监督管理）、企事业单位等从事科研、产品与技术开发、生产营销、质量控制与检验及设备维护等工作，以及到国内外工学、理学、医学和药学等门类下各学科继续深造且具有国际视野和竞争力的创新型高级工程技术复合型人才。
生物医学工程专业下设三个教研室和一个中心，分别为生物检测诊断、生物医用材料、有源器械工程教研室和医疗器械研究中心。目前已组建一支由专职教师和兼职教师组成的业务素质良好、师德高尚并富有创新精神的高水平生物医学工程专业教师团队。专业现共有专职教师15人，兼职教师8人。其中，教授6人，主任药师、主任医师各1人，副教授9人，高级工程师1人，讲师5人。在校生200人，生师比8.69：1。教师队伍结构优化，整体发展态势良好。教师职称、学历结构稳中有升，学缘结构不断优化，实现了师资来源多元化结构格局。入选辽宁省百千万人才工程6人次，辽宁省高等学校杰出青年学者成长计划3人；沈阳市高层次人才领军人才2人，拔尖人才和高级人才各3人。
