生物医学工程实验教学中心是辽宁省省级实验教学示范中心，中心包括物理实验教学和生物医学工程实验教学两部分。中心现有面积2170平方米，设置了15个实验室，配备实验设备513套，开设《物理学》《临床检验基础》《诊断试剂原理与制备》《高分子化学与物理基础》等10门实验课共54个实验项目。
物理实验教学主要为学生开设基础物理实验与近代物理实验课程，每年接纳约1700人来中心学习、实验，完成约5万教学时。生物医学工程实验教学主要为学生开设材料学、检验学、诊断学、生物免疫学等实验课程，是沈阳药科大学辐射学科最多、具有显著教学特色的实验教学中心。
沈阳药科大学生物医学工程实验教学中心是以培养学生创新实践能力、促进资源开放共享为宗旨，按照基础、专业而搭建的实验教学平台。实验教学中心的主要任务是开展本科实验教学，承担全校相关本科专业的实验课程教学任务。经过二十余年的建设发展，经历了学科变化、仪器更新与购置、建筑面积扩大等方面的升级，现中心所开设的实验课程已经涵盖了学校8个学院，辐射医、理、工三个门类17个专业。该中心充分体现了多学科、多专业的公共基础实验教学职能，学科大类基础实验教学与学科综合实验的中心特色，现已成为学校独具特色的实验教学示范中心。
