医疗器械学院生物医学工程系涵盖一个本科专业—生物医学工程专业。本专业是以生物检测诊断、生物医用材料为核心，兼顾质量、安全检验与评价为内涵的特色专业。以培养具备理、工、医相结合的知识结构，化学、生物学、材料学、检验学、医疗仪器设备、医疗器械法律法规等相关基本理论和实践技能以及自学、实践、创新等全面素质与综合应用能力的多元化复合型人才为目标，使其毕业后胜任在医疗器械领域的科研机构、行政部门（医疗器械监督管理）、企事业单位等的科研、产品与技术研发、生产与营销、质控与检验、系统支持等技术与管理工作。
生物医学工程系拥有高水平师资队伍（入选辽宁省百千万人才工程4人，其中百人层次1人，万人层次5人，辽宁省高等学校杰出青年学者成长计划资助1人，沈阳市领军人才1人，沈阳市拔尖人才1人，沈阳市高层次人才3人），下设一个中心四个教研室，分别为生物检测诊断、生物医用材料、有源器械工程和物理教研室以及生物医学工程实验教学中心（已获批辽宁省高等学校本科实验教学示范中心），目前共有全职专任专业教师15人，其中教授3人，副教授9人，讲师3人，11人具有博士学位，已形成老中青结合的学术梯队。
生物医学工程系教师近5年来承担国家级课题10项，其中主持国家自然科学基金项目9项，主持国家科技部十二五重大新药创制项目1项，主持省部级、市级及校级课题项目20余项，项目累计到款额600余万元。获批建设辽宁省模式识别蛋白重点实验室和沈阳市医疗器械重点实验室建设项目。发表国内外核心期刊论文40余篇，其中SCI收录论文30余篇。申请发明专利10余项，获得授权专利4项。
